جدا شدن کامل هرات و افغانستان از ایران

اعاده حاکمیت ایران بر هرات برای دولت انگلیس قابل پذیرش نبود در نتیجه با فشار به میرزا آقاخان نوری صدراعظم ناصرالدین شاه از وی خواستند تا دولت ایران متعهد شود که به هرات نظری ندارد، دولت ایران در سال 1269ه.ق متعهد شد تنها در صورتی که نیروهایی از قندهار به هرات حمله کنند از این شهر دفاع کند و سپاه بفرستد و دولت انگلیس هم متعهد شد تا در امور هرات دخالت نکند. اما دولت انگلستان به تعهدات خود پایبند نماند و دوست محمدخان حاکم قندهار که روابط نزدیکی با انگلیسی ها داشت را برای حمله به هرات تشویق کردند. دولت ایران نیز در صدد دفاع از هرات برآمد و در سال 1272 ه.ق سپاهیانی به فرماندهی شاهزاده حسام السلطنه به هرات گسیل داشت. حسام السلطنه هرات را محاصره کرد و علی الرغم کارشکنی های انگلیسی ها توانست آنجا را فتح کند. دولت انگلستان حالت جنگ بین دوکشور را اعلام کرد و ناوگان انگلیس به آب های ایران وارد شدند و جزیره خارک را تصرف کردند و بخشی از نیروهای انگلیس از بوشهر به سوی شیراز حرکت کرد و بخشی دیگر از نیروهای انگلیسی به خرمشهر وارد شد و اهواز را تصرف کردند.
نیروهای نظامی دولت ایران در مقابل اسلحه جدید سربازان انگلیسی اعم از توپ و تفنگ نتوانستند مقاومت کنند اگرچه بیشترین مقابله از سوی مردم تنگستان صورت گرفته بود. از ناکارآمدی دولت ایران این دوره می‌توان این مورد را نیز ذکر کرد که همزمان با تحولات هرات و جنوب ایران ، دولت بریتانیا درگیر شورش سپوی هندیان در 1857بود  که نتوانست از ضعف پیش آمده در قوای بریتانیا استفاده نماید. دولت‌های فرانسه و روسیه که در صدد تداوم سیاست توازن قوا در اروپا و سایر نقاط جهان بودند مایل به شکست ایران و قدرتگیری روزافزون انگلستان در این منطقه از جهان نبودند و به ناصرالدین شاه پیشنهاد میانجی گری دادند، شاه نیز تقاضای صلح کرد. ابتدا، ناصرالدین شاه برای مذاکره با انگلیسیها، فرخ خان را روانه دربار عثمانی کرد اما درخواست‌های آنان مبنی بر تخلیه هرات و تعهد رسمی بر عدم دخالت در امور آن ایالت، تحویل بندرعباس به امام مسقط، عزل صدراعظم میرزا آقاخان نوری و اجازه افتتاح کنسولگری های انگلیس در شهرهای مهم ایران، مورد قبول ناصرالدین شاه قرار نگرفت. شاه برای برون رفت از این بحران از سفیر آمریکا در استانبول درخواست میانجی گری کرد که دولت آمریکا (بر اساس دکترین مونرو و سیاست انزوا طلبی خود) این امر را نپذیرفت. از سوی دیگر روزنامه تایمز در سرمقاله ای با عنوان «نه می‌دانیم و نه علاقه ای داریم که بدانیم که هرات کجاست»، نظریات بسیاری از مردم انگلستان را منعکس کرد که دلیلی برای جنگ با ایران نمی‌دیدند. اما پالمرستون، نخست وزیر بریتانیا برای کسب حداکثر منافع در قبال توسعة نفوذ روسیه به ایران، افغانستان و بلاخره هندوستان، به ادامه جنگ و بعد رسیدن به صلحی با حداکثری کسب این منافع تلاش کرد در عوض ایران به دلیل ضعف ممتد و فسادی درباری و ساختاری دولت قاجاری  طرفی از این امر نبست.سرانجام با میانجیگری ناپلئون سوم، معاهده پاریس در 4مارس1857م، مطابق با 7رجب1273ه.ق و برابر با 14اسفند1235خورشیدی مابین سفیر ایران در پاریس فرخ خان امین الملک و سفیر انگلیس در فرانسه لرد کاولی در پانزده فصل بسته شد. تنها دستورالعملی که از تهران از طرف آقاخان نوری به فرخ خان رسید این بود: «شما اختیار دارید در هر مسئله ای که مورد تقاضای انگلیسی ها است موافقت کنید مگر در دو مورد: یکی سلطنت ناصرالدین شاه و دیگری صدارت من»